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대표이사가 회사에게 유상으로 특허권을 양도 등을 하는 경우와 세금
변호사 박성인

1. 서설
최근 회사에서 발명한 특허를 대표이사 개인 명의로 출원하고 특허등록을 받은 후, 그 특허권을 대표이사가 회사에게 양도하면서 양도대가를 지급(또는 가지급금 상계처리)받거나 그 특허권에 대하여 대표이사가 회사에게 실시권을 설정하고 실시료를 지급받는 사례가 많다.

그런데, 최근 국세청에서 대표이사 명의로 등록된 특허를 대체로 회사에서 발명한 직무발명으로 보고 위와 같은 거래가 부당행위계산1에 해당하며 근로소득2이나 증여3로 처리되어야 한다는 이유로 회사와 대표이사에게 과세처분을 하는 경우가 많이 발생하고 있다.

이에 관련 심판례를 검토하고, 회사나 대표이사가 유의해야 할 점에 관하여 살펴본다.
 

2. 직무발명, 업무발명, 자유발명의 구별

1) 직무발명
발명진흥법 제2조 제2호 4는 “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원 등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자 등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명이라고 규정하고 있다.

2) 업무발명
업무발명이란 종원업 등이 한 발명이 종업원 등의 직무와는 무관하나 사용자 등의 업무 범위에 속하는 발명을 말하며, 직무발명이 아니므로 원칙적으로 발명진흥법 제10조 제3항5이 적용되어 종업원 등이 임의로 처분할 수 있다.

3) 자유발명
자유발명이란 종업원 등이 한 발명이 사용자 등의 업무 범위에도 속하지 아니하고 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 직무와도 관련이 없는 발명을 말하며, 직무발명이 아니므로 원칙적으로 발명진흥법 제10조 제3항이 적용되어 종업원 등이 임의로 처분할 수 있다.

[종업원 등의 발명의 구분] 

4) 세무적으로 분쟁이 되는 경우, 직무발명 불해당에 관한 입증책임
과세처분이 이루어진 경우, 해당 과세처분이 부당함을 다투면서 직무발명에 해당하지 아니함을 주장하는 경우, 직무발명 불해당에 관한 입증책임은 이를 다투는 청구인(또는 청구법인)이 부담한다.

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).

 

3. 직무발명, 업무발명, 자유발명의 구별에 따른 세법 적용

1) 직무발명

[발명진흥법에 따른 유형 분류 및 그에 따른 세법 적용]

사전예약승계 규정 有 사전예약승계 규정 無6 
사용자 등 승계의사 통지 사용자 등 不승계의사 통지 사용자 등 승계의사 미통지 종업원 등 양도의사 無 종업원 등 양도의사 有
사용자 등: 직무발명의 권리승계7
종업원 등: 보상청구권 취득8
사용자 등: 무상 통상실
시권 취득9
종업원 등: 직무발명의
권리보유
사용자 등: 종업원 등이
허락하여야 통상실시권
취득10
종업원 등: 직무발명의
권리보유

사용자 등: 중소기업인
경우 무상 통상실시권 취
11
종업원 등: 직무발명의
권리보유
사용자 등: 직무발명의
권리승계
종업원 등: 보상청구권
취득12
[직무발명보상금]
재직 중 근로소득13
퇴직 후 기타소득14
 
직무발명보상금 (재직 중 근로소득, 퇴직 후 기타소득)
* 발명진흥법상 종업원 등에게 직무발명의 권리가 귀속되나, 세법에서는 국세기본법 제14조(실질과세) 원칙상 직무발명을 대표이사 개인명의로 귀속되도록 외관을 형성한 후에 대표이사가 해당 권리를 회사에게 양도 등을 하고 대가를 받는 경우를 대표이사가 그 권한이나 지위를 이용하여 세금 회피나 경감의 의도를 가지고 한 행위로 보아 일반적인 직무발명과 동일하게 취급하는 것으로 보임
[직무발명보상금]
재직 중 근로소득
퇴직 후 기타소득

2) 자유발명, 업무발명
청구인(또는 청구법인)이 객관적인 증거를 기초로 해당 발명이 자유발명, 업무발명에 해당한다는 사실을 입증하는데 성공한다면, 소득세법 제21조 제1항 제7호15에 따라 기타소득으로 취급한다.

 

4. 심판례

  직무발명으로 판단하여 청구인(또는 청구법인)의 심판청구를 기각한 사례 자유발명, 업무발명으로 판단하여 청구인(또는 청구법인)의 심판청구를 인용한 사례
심판례 조세심판원 2022. 5. 4.자 2021부5879 결정, 
조세심판원 2022. 4. 4.자 2021인7009 결정, 
조세심판원 2022. 4. 25.자 2021중6944 결정, 
조세심판원 2022. 4. 5.자 2021광5258 결정, 
조세심판원 2022. 4. 6.자 2021중5853 결정 등
조세심판원 2021. 8. 19.자 2021전1863 결정, 
조세심판원 2020. 9. 25.자 2019중2524 결정 등
판단이유 요약

i) 대표이사가 쟁점특허를 발명하였다는 증빙으로 제출한 연구노트는 단순 조립도 스케치 정도만 확인되고 기록된 내용도 적거나, 쟁점특허의 결과물에 대한 요약내용으로 쟁점특허의 내용을 구체적으로 실현하는 과정에서 실험이나 시제품 제작, 단계별 기록 등을 확인할 수 없거나, 또는 특허출원서의 내용과 거의 유사하게 작성되어, 실제 쟁점특허를 개발하면서 대표이사가 직접 작성한 연구노트가 맞는지 신뢰하기 어렵고, 제출된 연구노트만으로는 대표이사가 발명에 이르기까지 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 아니하는 점

ii) 쟁점특허는 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비와 비용이 소요될 것으로 보임에도 대표이사가 개인적인 연구시설이나 실험기구 등을 갖춘 사실이 확인되지 아니하고, 대표이사가 개인적으로 지출한 관련 비용도 미미하다며 특허등록 비용 이외에 지출 증빙을 제시하지 못하는 점

iii) 회사는 연구개발 전담부서 또는 연구소를 두고 있고, 쟁점특허를 제외한 관련 기술분야의 특허를 출원한 경험이 있는 점 등에 비추어 회사가 쟁점특허 개발에 전혀 관여하지 않았다고 단정할 수 없는 점

iv) 설령 쟁점특허의 창출에 있어, 대표이사의 노력이 일정부분 기여된 점이 있다 하더라도, 이는 대표이사의 직무와 관련된 것으로 봄이 타당한 점

v) 회사는 쟁점특허의 특허출원 전부터 특허 컨설팅 업체로부터 특허 관련 컨설팅을 받아왔던 것으로 보이고, 쟁점특허의 감정평가도 회사의 비용으로 받는 등의 사정을 종합하면 쟁점특허는 출원시부터 대표이사 명의로 출원한 후 회사가 대표이사로부터 매입하는 것이 예정된 하나의 거래로 보이는 점

i) 대표이사는 쟁점특허를 발명할 수 있는 전문지식을 갖추고 있는 것으로 보이는 점

ii) 대표이사는 쟁점특허 등록 이전에도 쟁점특허와 유사한 다수의 특허를 대표이사 개인 명의로 출원, 등록하였던 점

iii) 회사 기술연구팀의 전담연구원의 구성이 쟁점특허와 관련이 없고, 변리사의 기술서에 첨부된 대표이사의 연구노트 자료 등을 통해 대표이사가 아이디어를 제공하거나 구상하였다는 주장에 신빙성이 있어 보이고, 쟁점특허의 등록을 대리한 변리사는 쟁점특허의 발명자는 대표이사로, 대표이사로부터 자료를 전달받고, 협의하여 특허출원을 하였다고 확인하였으며, 쟁점특허와 관련하여 특허법인 담당자와 대표이사가 의견서와 보정서 초안을 공유하며 검토한 이메일 등을 제시한 점

iv) 회사의 부설연구소가 쟁점특허를 개발하였다고 볼 만한 구체적인 자료 등이 부족한 것으로 보이는 점

v) 회사에 기술연구소가 있었으나 대표이사가 현재 또는 과거에 동 기술연구소에 소속되어 근무한 이력이 확인되지 아니하고, 쟁점특허의 성질상 회사의 업무범위에 속한다고 하더라도 쟁점특허 발명을 하게 된 행위가 대표이사에게 당연히 예정되는 직무에 속한다고 보기 어려운 점
 


5. 검토의견 및 회사의 대응방안
조세심판원은, 대체로 대표이사 명의로 특허출원, 등록하여 회사에게 양도하거나 실시권을 설정하면서 대표이사가 회사로부터 대가를 지급받는 경우를, 대표이사가 그 권한이나 지위를 이용하여 실질적으로는 회사의 직무발명에 해당함에도 형식적으로 대표이사 개인의 특허인 것처럼 또는 대표이사 명의로 특허를 등록하도록 외형을 작출하여 세금을 회피하거나 경감시킬 의도를 가진 행위, 대표이사에게 부당하게 법인자금을 유출하기 위한 행위로 판단하는 것으로 보인다.

따라서, 대표이사의 발명이 회사의 직무발명에 해당하는 경우라면, 직무발명의 처리에 관한 규정에 부합하게 세금을 신고, 납부하는 것이 바람직할 것으로 사료된다.

만약 대표이사의 발명이 회사의 직무발명이 아니라 자유발명 내지 업무발명이라면, 심판이나 소송에서 부당한 판단을 받지 않기 위해서는, i) 회사의 공적 서류 등에 대표이사의 직무 범위를 발명의 개발 업무가 아님을 명확하게 규정하고, ii) 대표이사가 현재 또는 과거에 회사 연구소에 소속되어 근무한 이력이 없도록 하고, iii) 대표이사가 해당 발명을 개발할 수 있는 전문지식이나 능력을 갖추었음을 증명할 수 있는 자료들을 확보하고, iv) 대표이사가 연구노트에 발명을 개발하는 과정을 개발 단계에 따라 구체적으로 기록하고, 타임스탬프 등을 통해 해당 연구노트의 작성시점을 기록하여 연구노트의 신빙성을 확보하고, v) 대표이사가 발명을 개발하는 과정에서 회사의 설비나 연구시설 등을 사용하지 아니하고 독자적으로 발명을 구체화하고, 대표이사가 관련 비용을 직접 지급하고 그 지출내역의 증빙서류를 확보하고, vi) 특허출원 및 등록 과정에서도 대표이사가 변리사와 직접 연락하여 의사소통하고, vii) 특허출원 및 등록 비용도 대표이사가 개인적으로 지급하고 그 지출내역의 증빙서류를 확보하거나, 또는 viii) 대표이사의 발명이 회사의 업무범위와 전혀 무관함을 확인할 수 있는 자료를 확보하는 등 대표이사의 발명이 회사의 직무발명이 아니라 자유발명 내지 업무발명임을 입증할 수 있는 객관적인 자료들을 보유하고 있어야 할 것이라 사료된다.

 

1 국세기본법 제14조, 법인세법 제52조 및 제67조, 법인세법 시행령 제106조 참조
2 소득세법 제20조 제1항 제5호 참조
3 상속세 및 증여세법 제45조의5 참조
4 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.
5 발명진흥법 제10조(직무발명) ③직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.
6 발명진흥법 제13조 제1항 단서
7 발명진흥법 제12조, 제13조 제1항 및 제2항 참조
8 발명진흥법 제15조 참조
9 발명진흥법 제10조 제1항 참조
10 발명진흥법 제13조 제3항 참조
11 발명진흥법 제10조 제1항 참조
12 발명진흥법 제15조 참조
13 소득세법 제20조 제1항 제5호 참조
14 소득세법 제21조 제1항 제22의2호 참조
15 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
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